Home Page-->Calcolo Scientifico ed elaborazione dati-->Software Applicativo-->Elenco software disponibile al CASPUR

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ISO 9001:2008

SOFTWARE APPLICATIVO DISPONIBILE AL CASPUR

• ACE/gr (noto anche come Xmgr)

Piattaforma: HP, Sun, IBM, Linux

Settore: GRAFICA

Versione: 5.0.5

Path: Installazione in corso

Descrizione: Analisi dati e plotting 2D.

Referenze: http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/

Supporto: M. Rosati

• Amber

Piattaforma	Status	Processori
4Venti (AS4100) e 5Fiumi (ES40)	Parallelo	1

Settore: BIOLOGIA, CHIMICA

Versione: 6.0 e 7.0

Descrizione: Programma di dinamica molecolare di macromolecole biologiche.

Referenze: http://amber.scripps.edu/

Supporto: G. Chillemi

• ATLAS

Piattaforma: HP, Sun, IBM, Linux

Settore: CALCOLO

Versione: 3.6

Path: Installazione in corso

Descrizione: Libreria di algebra lineare.

Referenze: http://www.netlib.org/atlas

Supporto: M. Rosati

• AVS 5 (Advanced Visual Systems)

Piattaforma: HP Grafiche, Sun, IBM

Settore: GRAFICA

Versione: 5.5

Path: /usr/local++/bin/avs (HP e Sun) - /usr/local++/bin/avs.xgl (Sun) - /usr/local++/bin/avs.gl (IBM)

Descrizione: Tool modulare per la visualizzazione dati avanzata.

Referenze: Manuali on line e http://www.avs.com/products/index.htm

Supporto: P. Lanucara, C. Truini

• AVS/Express

Piattaforma: HP Grafiche, IBM

Settore: GRAFICA

Versione: 5.0

Path: /usr/local++/bin/express

Descrizione: Tool modulare object oriented per la visualizzazione dati e costruzione di applicazioni grafiche.

Referenze: http://www.avs.com/products/index.htm

Supporto: P. Lanucara, C. Truini

• CPMD

Piattaforma: HP, IBM

Settore: SCIENZA DEI MATERIALI

Versione: 3.7.2

Path:

Descrizione: Pacchetto di calcolo di struttura elettronica, di ottimizzazione di geometria e dinamica molecolare ab initio (Car-Parrinello e Born-Oppenheimer) per la fisica e chimica dello stato solido e molecolare.

Referenze:

Supporto:

• CPV

Piattaforma: HP, IBM

Settore: SCIENZA DEI MATERIALI

Versione: pwsafe (CVS)

Path:

Descrizione: Pacchetto di dinamica molecolare Car-Parrinello con supporto agli pseudopotenziali di Vanderbilt.

Referenze:

Supporto:

• CSD (Cambrige Structural Database System)

Piattaforma: HP (levante ed eolo)

Settore: CHIMICA

Versione: V5.24

Path:

Descrizione: Database di strutture molecolari con interfaccia grafica alla consultazione.

Referenze: http://www.ccdc.cam.ac.uk/

Supporto: N. Sanna

• DDT

Piattaforma: IBM

Settore: SVILUPPO

Versione: V1.8

Path: /usr/local++/bin/ddt

Descrizione: Debugger grafico.

Referenze: Manuali on line e http://www.allinea.com/

Supporto:

• DXML (Digital Extended Math Library) o CXML (Compaq Extended Math Library)

Piattaforma: HP

Settore: CALCOLO

Versione: 3.3

Path: /usr/lib/libdxml.a

Descrizione: Librerie matematiche (BLAS, LAPACK, Sparse, Signal Processing, SCIPORT) ottimizzate per sistemi alpha.

Referenze: http://www.compaq.com/math/introduction/index.html#CXML

Supporto:

• ESSL (Engineering and Scientific Subroutine Library) e PESSL (Parallel ESSL)

Piattaforma: IBM

Settore: CALCOLO

Versione: 3.2 (ESSL) e 2.2 (PESSL)

Path: /usr/lib/libessl.a e /usr/lib/libpessl.a

Descrizione: Librerie matematiche ottimizzate per sistemi AIX.

Referenze: Manuali on line: ESSL e PESSL

Supporto:

• FFTpack

Piattaforma: 5Fiumi, Vulcani, IBM Power3, Linux

Settore: CALCOLO

Versione: 4.0

Path: /usr/local++/lib/libfftpacks.a (single precision) /usr/local++/lib/libfftpackd.a (double precision)

Descrizione: Pacchetto Public Domain di programmi fortran per le Fast Fourier Transform.

Referenze: http://www.netlib.org/fftpack

Supporto: G. Amati

• FFTW

Piattaforma: 5Fiumi, Vulcani, IBM Power3, Linux

Settore: CALCOLO

Versione: 2.1

Path: /usr/local++/lib/libsrfftw.a e libsfftw.a (single precision real and complex) /usr/local++/lib/libdrfftw.a e libdfftw.a (double precision real and complex)

Descrizione: Libreria FFT 1-2-3 dimensionale.

Referenze: http://www.fftw.org

Supporto: G. Amati

• Gamess-US

Piattaforma: HP, IBM

Settore: CHIMICA

Versione: 3/7/03

Path:

Descrizione: Package di chimica quantistica tra i più diffusi nell'area del calcolo ab initio. Implementa in algoritmi numerici i più diffusi metodi di soluzione della equazione di Schroedinger applicata a sistemi molecolari, anche con esecuzione ad alte prestazioni in parallelo.

Referenze:

Supporto:

• Gauss

Piattaforma: HP, IBM

Settore: CALCOLO, STATISTICA

Versione: 3.2 e 3.6

Path: /usr/local++/bin/gauss e tgauss

Descrizione: Software specializzato nell'analisi statistica ed econometrica.

Referenze: Manuali on line: User Guide e Language Reference e
http://www.aptech.com/

Supporto:

• Gaussian94

Piattaforma	Status	Processori
IBM	Seriale	1
4Venti (AS800)	Seriale	1
4Venti (AS4100)	Parallelo	2-4

Settore: CHIMICA

Versione: Rev. D.2

Descrizione: Programma di chimica quantistica ab initio.

Referenze: http://www.gaussian.com

Supporto: N. Sanna

• Gaussian98

Piattaforma	Status	Processori
4Venti (AS800)	Seriale	1
4Venti (AS4100) e 5Fiumi (ES40)	Parallelo	2-4
Vulcani	Parallelo	2

Settore: CHIMICA

Versione: Rev. A.7

Descrizione: Programma di chimica quantistica ab initio.

Referenze: http://www.gaussian.com

Supporto: N. Sanna

• GCG

Piattaforma: HP

Settore: BIOLOGIA

Versione: 10.3

Path:

Descrizione: Insieme di database primari di interesse biologico e chimico. I database più importanti di genomi e proteomi (GENEMBL, SWISS-PROT, ecc.) sono organizzati dalla Wisconsin University per l'accesso a più di 200 programmi di allineamento ed estrazione di sequenze, anche con esecuzione ad alte prestazioni in parallelo.

Referenze:

Supporto:

• GopenMol

Piattaforma: HP

Settore: CHIMICA

Versione: 2.2

Path:

Descrizione: Tool di visualizzazione grafica di molecole, particolarmente adatto alla visualizzazione di macromolecole come proteine o acidi nucleici.

Referenze:

Supporto:

• Gromacs (GROningen MAchine for Chemical Simulations)

Piattaforma	Status	Processori
IBM	Parallelo	2-14
4Venti (AS800)	Seriale	1
4Venti (AS4100) e 5Fiumi (ES40)	Parallelo	2-16
CTF	Parallelo	2

Settore: BIOLOGIA, CHIMICA

Versione: 3.0.3 e 3.1.4

Descrizione: Programma di dinamica molecolare di macromolecole biologiche.

Referenze: http://www.gromacs.org/documentation/index.php

Supporto: G. Chillemi, V. Di Martino

• Gromos96

Piattaforma	Status	Processori
4Venti (AS800)	Seriale	1
4Venti (AS4100) e 5Fiumi (ES40)	Parallelo	1-4

Settore: BIOLOGIA, CHIMICA

Descrizione: Programma di dinamica molecolare di macromolecole biologiche.

Referenze: http://igc.ethz.ch/gromos/

Supporto: G. Chillemi

• ICEM

Piattaforma: IBM

Settore: GRIGLIE

Versione: 3.1.2

Path: /usr/local+/bin/icemcfd

Descrizione: Generatore di griglie strutturate multi-blocco.

Referenze: http://www.icemcfd.com/

Supporto:

• IDL (Interactive Data Language)

Piattaforma: IBM, HP, Linux

Settore: CALCOLO, GRAFICA

Versione: 5.3 (HP e IBM) e 5.1 (Linux)

Path: /usr/local+/bin/idl5 e /usr/local/rsi (Linux)

Descrizione: Ambiente di programmazione per visualizzazione e analisi dei dati.

Referenze: http://www.rsinc.com/idl/

Supporto: V. Di Martino

• IRAF (Image Reduction Analisys Facility)

Piattaforma: Linux

Settore: CALCOLO

Versione: V93.2.40

Path:

Descrizione: Fisica astronomica ed elaborazione delle immagini.

Referenze: http://helios.tuc.noao.edu/

Supporto: V. Di Martino

• KPTS (KAP/Pro ToolSet)

Piattaforma: HP, Sun, IBM

Settore: SVILUPPO

Versione: 3.9 e 4.0

Path: /usr/local++/bin/guide*, /usr/local++/bin/assure* e
/usr/local++/bin/perview dove * = c, c++, f77, f90, view

Descrizione: Parallelizzazione, profiling e debugging con OpenMP.

Referenze: Manuali on line e http://www.KAI.com/parallel/kappro

Supporto: F. Massaioli

• LF95 (Lahey/Fujitsu Fortran 95)

Piattaforma: Linux

Settore: SVILUPPO

Versione: 6.0

Path:

Descrizione: Compilatori Fortran 95, debugger.

Referenze: Manuali on line e www.lahey.com

Supporto:

• MAPLE

Piattaforma: HP, IBM, Linux, Sun

Settore: CALCOLO SIMBOLICO, GRAFICA

Versione: 9.5

Path: /usr/local++/bin/maple, /usr/local++/bin/xmaple

Descrizione: Tool di calcolo simbolico e visualizzazione.

Referenze: Manuali on line e http://www.maplesoft.com/

Supporto: P. Lanucara, C. Truini

• MATLAB

Piattaforma: HP, Sun, IBM, Linux

Settore: CALCOLO, GRAFICA

Versione:

6.5 Release 13
7 per l'architettura Linux x86

Path: /usr/local++/bin/matlab

Descrizione: Pacchetto di calcolo numerico e visualizzazione dati.

Referenze: FAQ e Manuali on line

Supporto: P. Lanucara

• Metis

Piattaforma: IBM

Settore: GRIGLIE

Versione: 2.0

Path: /usr/local+/bin/kmetis - /usr/local+/bin/pmetis - /usr/local+/bin/ometis

Descrizione: Tool per il partizionamento di Grafi non strutturati ed ordinamento di matrici sparse.

Referenze: http://www-users.cs.umn.edu/~karypis/metis/

Supporto: P. Lanucara

• MM3/94

Piattaforma	Status	Processori
4Venti e 5Fiumi		1

Settore: CHIMICA

Descrizione: Programma meccanica molecolare di sistemi chimici organici.

Referenze:

Supporto: N. Sanna

• MM5

Piattaforma: Linux

Settore: CALCOLO

Versione: 3.0

Path: /usr/local/MM5

Descrizione: Fisica atmosferica, previsioni del tempo regionali (Parallel version).

Referenze: http://www.mmm.ucar.edu/mm5/overview.html

Supporto: V. Di Martino

• Molden

Piattaforma: HP, IBM

Settore: CHIMICA

Versione: 4.0Beta

Path:

Descrizione: Tool di visualizzazione grafica di molecole, particolarmente adatto a visualizzare proprietà elettroniche generate da programmi di chimica ab initio quali Gaussian o Gamess-US.

Referenze:

Supporto:

• MPICH (Message Passing Interface)

Piattaforma: Linux

Settore: SVILUPPO

Versione: 1.2.0

Path:

Descrizione: Implementazione di MPI gratuita e portabile.

Referenze: http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/

Supporto:

• MuPAD (Multi Processing Algebra Data Tool)

Piattaforma:

Settore: CALCOLO SIMBOLICO

Versione: Da installare

Path:

Descrizione:

Referenze: http://www.mupad.de/

Supporto:

• NAG (Numerical Algorithms Group) Fortran Library

Piattaforma: IBM, HP

Settore: CALCOLO

Versione: Mark 17

Path: /usr/local+/lib/libnag.a

Descrizione: Collezione di routines Fortran77 per la soluzione di problematiche numeriche e statistiche.

Referenze: http://www.nag.co.uk/numeric/Fortran_Libraries.asp

Supporto: M. Rosati, C. Truini

• NAG Fortran SMP Library

Piattaforma: 4Venti, 5Fiumi, Vulcani, IBM SP3

Settore: CALCOLO

Versione: 2.0

Path: /usr/local++/lib/libnagsmp.a

Descrizione: Collezione di routines Fortran per la soluzione di problematiche numeriche e statistiche su architettura SMP.

Referenze: Manuali on line e http://www.nag.co.uk/numeric/Fortran_Libraries.asp

Supporto: M. Rosati, C. Truini

• PETSc (Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation)

Piattaforma: HP, IBM, Sun

Settore: CALCOLO

Versione: 2.0.29, 2.1.0, 2.1.1 e 2.1.3

Path : /afs/caspur.it/local/sw/PETSC/petsc-2.0.29/lib/
/afs/caspur.it/local/sw/PETSC/petsc-2.1.0/lib/
/afs/caspur.it/local/sw/PETSC/petsc-2.1.1/lib/
/afs/caspur.it/local/sw/PETSC/petsc-2.1.3/lib/

Descrizione: Librerie parallele per la soluzione di PDE (versione MPI).

Referenze: Manuali on line e http://www-fp.mcs.anl.gov/petsc/

Supporto: C. Truini

• PGHPF (The Portland Group: High Performance Fortran)

Piattaforma: IBM, Sun

Settore: SVILUPPO

Versione: 3.0

Path: /usr/local++/bin/pghpf, pgprof

Descrizione: Compilatori Fortran della Portland Group.

Referenze: Manuali on line e http://www.pgroup.com/

Supporto:

• PGI WorkStation (The Portland Group: IA-32 Compilers and Tools)

Piattaforma: Linux

Settore: SVILUPPO

Versione: 5.0

Path: /usr/local++/bin/pgcc, pgCC, pgf77, pgf90, pghpf, pgdbg, xpgdbg, pgprof

Descrizione: Compilatori Fortran, C e C++ della Portland Group, debugger e profiling.

Referenze: Manuali on line e http://www.pgroup.com/

Supporto:

• SAS (Statistical Advanced Software)

Piattaforma: IBM

Settore: STATISTICA

Versione: 8

Path: /usr/local+/bin/sas

Descrizione: Analisi statistiche, visualizzazioni e sviluppo applicazioni object oriented.

Referenze: Manuali on line e http://www.sas.com

Supporto: M. Scarnò

• Scilib

Piattaforma:

Settore: CALCOLO

Versione:

Path:

Descrizione:

Referenze: http://www.netlib.org/scilib

Supporto:

• SNNS (Stuttgart Neural Network Simulator)

Piattaforma: IBM

Settore: STATISTICA

Versione: 4.2

Path: Installazione in corso

Descrizione: Modelli di reti neurali e produzione codice runtime (in C).

Referenze: ftp://ftp.informatik.uni-tuebingen.de

Supporto: M. Scarnò

• SunPerf (Sun Performance Library)

Piattaforma: Sun

Settore: CALCOLO

Versione: 2.0

Path: /opt/SUNWspro/lib/libsunperf.so

Descrizione: Librerie matematiche (LAPACK, LINPACK, BLAS, FFTPACK, VFFTPACK) ottimizzate per sistemi Sun.

Referenze: http://wwws.sun.com/software/sundev/news/features/sunperf.html

Supporto:

• Tecplot

Piattaforma: HP, Sun, IBM, Linux

Settore: GRAFICA

Versione: 10 (8.0 su HP)

Path: /usr/local++/bin/tecplot e preplot

Descrizione: Visualizzazione dati.

Referenze: Manuali on line e http://www.tecplot.com

Supporto: G. Amati

• TOTALVIEW

Piattaforma: HP, Sun, IBM, Linux

Settore: SVILUPPO

Versione: HP e Sun: 6.3 - IBM e Linux: 7.1

Path: /usr/local++/bin/totalview

Descrizione: Debugger grafico.

Referenze: Manuali on line e http://www.etnus.com

Supporto:

• Vis5D

Piattaforma: HP

Settore: GRAFICA

Versione: 4.2

Path: /usr/local+/bin/vis5d

Descrizione: Sistema per la visualizzazione interattiva di grandi insiemi di griglie di dati a 5 dimensioni.

Referenze: http://www.ssec.wisc.edu/~billh/vis5d.html

Supporto:

• WPS (Wisconsin Package Software) noto anche come GCG

Piattaforma: HP (levante ed eolo)

Settore: BIOLOGIA

Versione: V10.2

Path:

Descrizione: Interfaccia grafica per la consultazione dei database di biologia molecolare: GenBank, EMBL (Abridged), PIR-Protein, SWISS-PROT, SP-TREMBL, PROSITE, REBASE.

Referenze: http://www.gcg.com/products/software.html

Supporto: N. Sanna