Lotta ai virus
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caspur.it
L’approccio combinato (sperimentale e computazionale) si sta dimostrando sempre più efficace sia nello studio dei virus noti, che nella ricerca in corso sui nuovi ceppi virali. Il ricorso al supercalcolo è divenuto ormai indispensabile sia per l'elaborazione della grande mole di dati prodotta dai sequenziatori di ultima generazione, che per lo studio delle proteine virali, interessanti per la progettazione di farmaci più efficaci e mirati.
Il CASPUR collabora con i ricercatori dell’Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “L. Spallanzani” (INMI) e con il Dipartimento di Biologia dell’Università degli Studi di Roma "Tor Vergata" su due aspetti salienti per la ricerca sul virus dell'HIV:
- l’analisi bioinformatica di dati genetici prodotti dal sequenziatore FLX (Roche-454 Life Sciences): presente nel Laboratorio di virologia INMI, FLX è impiegato per individuare la distribuzione di utilizzo corecettoriale nella "popolazione virale" dei pazienti (coinvolti nella ricerca attiva presso l'Istituto);
- la messa a punto di un nuovo metodo che, a partire dall’informazione sulla sequenza genetica del virus, utilizzi le simulazioni per costruire un predittore, per l’utilizzo corecettoriale, basato anche sulla struttura tridimensionale assunta dalle diverse famiglie del virus HIV.
La disponibilità di una classe di farmaci antiretrovirali (scaturita da una scoperta recente ma promettente) può essere utilizzata nel contrasto al virus dell'HIV in quanto capace di interferire nel legame che si costituisce tra il virus e i co-recettori presenti sulle cellule target dell’infezione. Gli inibitori del legame al CCR5 risultano attivi solo sui ceppi virali che utilizzano esclusivamente tale corecettore per entrare nelle cellule ospiti.
La conoscenza della sequenza genetica dei virus presenti nel singolo paziente può essere dunque utilizzata per valutare "a priori" se il farmaco antivirale potrà inibire la fase di replicazione del virus.