NGS – Sapienza
Per informazioni
caspur.it
Il CASPUR fornisce l'infrastruttura che esegue l'elaborazione e il post processing dei dati grezzi prodotti dalla facility NGS (Next Generation Sequencing) del Policlinico di Roma "Umberto I".
Il gruppo HPC del Consorzio gestisce anche il flusso dei dati e i servizi per la ricerca clinica dei laboratori e dei centri di ricerca che ne fanno richiesta.
Ad oggi, i dati prodotti dalla facility Illumina sono prima inviati ad un’infrastruttura di storage server, avente architetture blade con server biprocessore quad core, per essere anonimizzati e poi trasmessi al CED (Centro Elaborazione Dati) del CASPUR.
L'infrastruttura IT (Information Technology) è stata però progettata per trasmettere i dati provenienti dalla facility NGS direttamente alla sala server del Consorzio, così sollevando da questa funzione gli apparati oggi utilizzati presso il Centro per le Nanotecnologie Applicate all'Ingegneria dell'Università degli Studi di Roma "Sapienza". In questo modo, l’infrastruttura di calcolo HPC sarà coinvolta da subito nel processo di trattamento dei dati, con un’ottimizzazione dei tempi di risposta complessivi.
La soluzione adottata è frutto della valutazione dello stato dell'arte in fatto di connettività che permette la fruizione di bande passanti, non bloccanti, anche su scala geografica.
In particolare, l’infrastruttura di rete oggi adottata per la rete del Policlinico garantisce:
- capacità di trasferimento dati dal sequenziatore, senza limitazioni, grazie ad un backbone di Campus di 10 Gbps
- interconnessione con banda di 40 Gbps tra il Campus e il polo adibito all'anonimizzazione dei dati.
La connettività tra il Campus Policlinico e il server del primo polo di smistamento (sito in viale Castrense, in Roma) è ottenuta con quattro coppie di fibre su due percorsi separati ed è sufficiente a garantire una connettività non bloccante, per le esigenze di analisi dei dati provenienti dal sequenziatore. Questa tipologia di rete garantisce un'alta affidabilità all’instradamento del flusso dati proveniente dal sequenziatore e dai relativi servizi di analisi, indipendentemente dal modello scelto; in questo modo saranno realizzabili i servizi di back-end e front-end richiesti dal servizio NGS.