GUIDA ALL'USO DEL SISTEMA IDRA

Il sistema IDRA (idra.caspur.it) è destinato alle attività interattive dell'utenza: sviluppo e debugging di programmi, uso interattivo delle applicazioni disponibili al CASPUR (matlab, maple, R, grace, etc...). Il sistema è composto di 3 nodi, ciascuno dotato di 2 processori 64bit AMD Opteron dual-core 2216 a 2.4 GHz e 8 GByte di RAM.

L'accesso al sistema avviene tramite ssh su idra.caspur.it. Al login l'utente verrà automaticamente rediretto sul nodo meno carico.

L'interprete di comandi di default è la tcsh. L'ambiente di questa shell è automaticamente configurato in modo opportuno per utilizzare il sistema. È sempre possibile utilizzare altre shell richiamandole da quella di default in modo che ereditino una configurazione corretta dell'ambiente.

L'ambiente di lavoro e l'utilizzo delle applicazioni è gestito mediante moduli, come descritto nella sezione Moduli e Ambiente.

È possibile consultare un breve help in linea del sistema, digitando il comando "IdraHelp". Oltre alle informazioni riportate in questa guida, troverete anche un elenco di indirizzi utili per il supporto.

 
Moduli e Ambiente

L'ambiente di lavoro (shell environment) è gestito mediante l'utilizzo di moduli. I moduli sono dei file contenenti istruzioni per la configurazione di un ambiente di lavoro, ossia per la definizione o la modifica di variabili di ambiente della shell (ad esempio la variabile PATH, LD_LIBRARY_PATH, ecc) su cui state lavorando. La gestione dei moduli avviene tramite il tool Environment-module.

Al login, vengono automaticamente caricati i moduli per la configurazione e l'utilizzo delle principali applicazioni disponibili. I moduli per l'utilizzo dei compilatori non vengono caricati automaticamente.

Digitando il comando module, vi verranno elencati i possibili comandi (o azioni) che può intraprendere. Tra le principali, ricordiamo:

• per mostrare l'elenco dei moduli attualmente caricati e in uso nella vostra shell:

  module list

• per mostrare l'elenco dei moduli disponibili sul sistema:

  module avail 

• per caricare il modulo chiamato "nomemodulo":

  module load nomemodulo 

• per rimuovere il modulo chiamato "nomemodulo":

  module unload nomemodulo 

• per ottenere una descrizione e informazioni sul modulo chiamato "nomemodulo":

  module show nomemodulo

Per maggiori informazioni sull'utilizzo dei moduli potete consultare le pagine man (module(1) e modulefile(4)).

 
Applicazioni

Le applicazioni interattive principali disponibili sul sistema IDRA sono:

Sono disponibili anche altre applicazioni di area.

 
Strumenti di Sviluppo

Il sistema IDRA può essere utilizzato anche come piattaforma di sviluppo e debugging di applicazioni (solo seriali o shared-memory, non MPI). Per l'esecuzione in produzione si rimanda all'utilizzo dei front-end di calcolo del CASPUR. Sul sistema sono disponibili i compilatori della suite GNU, Intel e PGI, sia per FORTRAN che C/C++, nonché il TotalView debugger. I compilatori della suite GNU sono sempre disponibili, mentre per gli altri bisogna caricare i moduli relativi, ad esempio:

module load intel

per caricare la suite dei compilatori Intel

module load pgi

per caricare la suite dei compilatori PGI

Ogni applicazione compilata con i compilatori Intel o PGI dovrà essere eseguita in un ambiente con i moduli corrispettivi caricati.

Nella directory /opt/ sono presenti varie librerie matematiche, tra cui le FFTW3, le ACML (AMD) e MKL (Intel) che forniscono versioni ottimizzate delle librerie BLAS, LAPACK, FFT, etc... Per maggiori informazioni, fate riferimento ai manuali contenuti nella sottodirectory doc/ di ciascuna libreria.

 
File System

La directory /home è su un file system distribuito AFS, accessibile anche dagli altri sistemi CASPUR. Per informazioni sulle funzionalità ed implicazioni dell'uso di AFS (tra cui in particolare le modalità di cambio della password), si rimanda alla documentazione relativa. L'area AFS si presta primariamente alle attività che coinvolgono file di dimensioni contenute, come le normali attività di sviluppo, ma non si presta ad ospitare file di grandi dimensioni, né ad attività di I/O intensivo.

La directory /data contiene una sottodirectory per ogni gruppo UNIX definito sui sistemi di calcolo CASPUR. Tali directory si trovano su file server NFS e sono visibili da tutti i nodi interattivi e di calcolo. Ogni utente può creare una o più sottodirectory sotto quella corrispondente al proprio gruppo UNIX.
È il file system più idoneo ad ospitare file di grandi dimensioni ai quali si voglia accedere da differenti piattaforme.

La directory /stage è in realtà un sistema di archiviazione su nastro di dati che al momento non sono necessari in linea, utile allo scopo di liberare la proprie aree disco per far spazio a dati da produrre con nuove elaborazioni. Per l'uso di tale area si rimanda alla documentazione relativa.

Su ogni nodo è disponibile un file system /scratch, utilizzabile come area di lavoro temporanea. Tale area è locale ad ogni singolo nodo del sistema, ed è soggetta a pulizia periodica dei file più vecchi.

 
Supporto